Lo más importante que debes saber
Si un empleado supera los 540 días de incapacidad, el vínculo laboral no se suspende ni termina automáticamente.
El empleador debe seguir cumpliendo con las obligaciones que correspondan, como:
Mantener activo el vínculo laboral.
Realizar los aportes a seguridad social.
Reconocer las prestaciones sociales a que haya lugar.
Evitar cualquier decisión de terminación sin validación legal previa.
El pago del auxilio económico por incapacidad, en cambio, lo asume el sistema de seguridad social según el tramo de días en el que se encuentre la incapacidad.
Quién paga la incapacidad según los días acumulados
El responsable del pago cambia dependiendo del tiempo acumulado de incapacidad por enfermedad de origen común:
Días de incapacidad | ¿Quién paga? | ¿Cuánto paga? | Base legal |
Día 1 al 2 | Empleador | 100 % del salario | Art. 40, parágrafo 1°, Decreto 1406 de 1999 modificado por Decreto 2943 de 2013 |
Día 3 al 180 | EPS | 66,67 % del IBC | Art. 206, Ley 100 de 1993 |
Día 181 al 540 | Fondo de pensiones / AFP | Subsidio equivalente al que venía pagando la EPS | Art. 41 de la Ley 100 de 1993 modificado por Art. 142, Decreto Ley 019 de 2012 |
Día 541 en adelante | EPS nuevamente, si se cumplen los supuestos legales | Igual al subsidio que venía recibiendo | Art. 2.2.3.6.1, Decreto 780 de 2016, sustituido Decreto 1427 de 2022 capitulo 6 |
Qué pasa entre el día 181 y el 540
Desde el día 181 hasta el día 540, el pago de la incapacidad pasa al fondo de pensiones.
Durante este periodo, la AFP puede postergar el trámite de calificación de invalidez hasta por 360 días adicionales a los primeros 180 días pagados por la EPS. Mientras tanto, debe asumir el pago del subsidio con cargo al seguro previsional de invalidez y sobrevivencia, o a la entidad de previsión social correspondiente.
Base legal: Art. 142 del Decreto Ley 019 de 2012.
Qué pasa desde el día 541
A partir del día 541, la EPS puede volver a asumir el pago del auxilio económico de incapacidad.
Pero ojo con este detalle, porque aquí es donde muchos se enredan: no pasa automáticamente solo porque el trabajador llegó al día 541.
La EPS retoma el pago únicamente si se cumple alguno de estos tres supuestos:
Existe concepto favorable de rehabilitación emitido por el médico tratante, que exige continuar el tratamiento.
El paciente no ha tenido recuperación durante el curso de la enfermedad, aunque se hayan seguido los protocolos y guías de atención.
Existen enfermedades concomitantes que prolongan el tiempo de recuperación.
Base legal: Art. 2.2.3.6.1 del Decreto 780 de 2016, sustituido por el Decreto 1427 de 2022, reglamentario del Art. 67, literal a), de la Ley 1753 de 2015.
Respaldo jurisprudencial y doctrinal
Estos son algunos referentes que respaldan la interpretación sobre incapacidades superiores a 540 días:
Corte Constitucional, Sentencia T-421 de 2023: confirma que el pago de incapacidades superiores a 540 días no depende únicamente de que exista una calificación de invalidez. La EPS debe reconocer el pago cuando se cumpla alguno de los supuestos establecidos en la norma.
Corte Constitucional, Sentencia T-140 de 2016: reconstruye la línea jurisprudencial sobre el pago de incapacidades prolongadas y el deber del fondo de pensiones después del día 180.
DAFP, Concepto 279631 de 2021 y Concepto 148581 de 2023: señalan que, en el sector público, la EPS reinicia el pago desde el día 541 cuando se cumplen las condiciones legales, y que el trabajador conserva el derecho a las prestaciones sociales que correspondan.
Qué pasa con los aportes y las prestaciones sociales
Durante la incapacidad, incluso si supera los 540 días, el empleador mantiene obligaciones importantes.
Aportes a salud y pensión
El empleador debe seguir realizando los aportes a salud y pensión sobre el IBC del trabajador, aunque no esté pagando directamente el salario.
Base legal: Art. 40, inciso 1°, Decreto 1406 de 1999. modificado por artículo 1 del Decreto 2943 de 2013, Concepto 103171 de 2021 Departamento Administrativo de la Función Pública
Cesantías y prima
Las cesantías y la prima se siguen causando durante la incapacidad, tomando como base el último salario devengado.
Vacaciones
Las vacaciones no se causan cuando se superan los 180 días continuos de incapacidad, porque se entiende interrumpido el tiempo de servicio para este efecto.
La causación se reanuda cuando el trabajador se reincorpora o cuando se define su situación de invalidez.
Vínculo laboral
El contrato no se suspende ni termina por el solo hecho de que el trabajador supere los 540 días de incapacidad.
El vínculo laboral sigue vigente mientras no exista una definición jurídica, médica o administrativa que permita tomar una decisión distinta.
Qué pasa si hay pensión de invalidez
La salida natural de una incapacidad prolongada puede ser la pensión de invalidez, siempre que se cumplan los requisitos legales.
Cuando la Junta de Calificación determina una pérdida de capacidad laboral igual o superior al 50 %, el subsidio de incapacidad puede dar paso a la pensión de invalidez del Sistema General de Pensiones.
Importante: el trabajador no puede recibir al mismo tiempo subsidio de incapacidad y pensión de invalidez por el mismo origen.
Requisito de cotización
Para acceder a la pensión de invalidez, el trabajador debe haber cotizado 50 semanas dentro de los 3 años inmediatamente anteriores a la fecha de estructuración de la invalidez.
Base legal: Art. 39 de la Ley 100 de 1993, modificado por el Art. 1 de la Ley 860 de 2003.
A tener en cuenta:
La terminación del contrato de una persona con incapacidad prolongada o limitación funcional puede requerir autorización previa del Inspector del Trabajo, según el Art. 26 de la Ley 361 de 1997.
Además, la jurisprudencia de la Corte Constitucional y de la Corte Suprema de Justicia ha señalado que la terminación de un contrato durante una incapacidad prolongada puede presumirse discriminatoria si no se cumple el procedimiento correspondiente.